后发酵茶是茶叶的一大类型，因具有独特的风味和生理功能，日益受到欢迎。其中，以云南特产的大叶茶为原料，经特殊后发酵工艺生产的普洱熟茶更是驰名中外。昆明植物所张颖君研究员研究组的多位科研人员，多年来以云南普洱熟茶为研究对象，应用生物技术和天然产物化学相结合的综合技术手段与方法，在国内外首次系统研究后发酵茶的特殊风味成分的物质基础及其形成规律。在对普洱熟茶特殊风味成分化学研究的基础上，开发相关的分析方法，为普洱熟茶品质综合评价体系的建立提供了技术基础。同时首次从分子水平上揭示微生物在普洱茶后发酵过程中的作用及其机理，为普洱熟茶的规范化生产提供理论依据和技术基础。还通过系统的菌物学研究，从后发酵优势菌群中选育优良菌株，为用现代发酵工程技术生产普洱熟茶提供基础。

    普洱茶是通过微生物的发酵过程而形成。在微生物的作用下，茶叶中的香气成分、茶多酚等化学物质发生结构转化，形成了一系列新的化合物，这些物质是构成普洱熟茶特殊风味和生理活性的重要物质基础。科研人员采用液相色谱和气相色谱技术，对普洱茶主要化学成分进行了定量分析。分离鉴定了一系列天然化合物，建立了普洱茶主要化学成分的定量分析技术，对普洱生茶和普洱熟茶进行了系统的化学成分比较研究。研究发现青毛茶中的主要特征化学成分，如多酚类、香气成分以及茶氨酸等，在后发酵的普洱熟茶中均发生了显著的改变，儿茶素单聚体类的含量在普洱熟茶中大幅减少，多聚体显著增加。由茶多酚分解的没食子酸成为普洱熟茶的特征性成分。从普洱熟茶中还发现了一系列新型的化合物，如儿茶素类与有机酸结合的新型内酯，具有脂肪族侧链的黄酮类化合物，以及嘌呤类生物碱(咖啡因等)与核苷结合的特殊成分等。这些特征性的化学物质是构成普洱熟茶风味的重要物质基础之一。研究还发现，普洱生茶的香气成分以芳樟醇、a-松油醇、香叶醇等单萜醇类为主，普洱熟茶则以芳香族和酯类化合物为主。

    普洱熟茶的后发酵生产，实际上就是利用微生物生命活动产生的酶对茶叶原料中的化学物质进行酶转化的过程，微生物在普洱茶制作中起着极为重要的作用。目前，普洱熟茶的人工后发酵生产基本上均采用传统的渥堆方式，依靠环境微生物自然感染进行，受季节和环境条件的影响很大，参与发酵的微生物种类不明、杂菌多、发酵过程不稳定，难以控制与规范，导致产品质量不稳定，难以实现规范化生产。科研人员对云南省不同产地的普洱茶后发酵加工生产中的微生物进行了较系统的比较研究，从大量的菌群中分离纯化得到优势菌株，经菌物学鉴定主要为曲霉属真菌，包括温特曲霉烟色变种、帚状曲霉、臭曲霉、日本曲霉原变种等。其中，臭曲霉和日本曲霉原变种作为优势菌种，始终存在于不同地区和不同发酵阶段的普洱茶中。研究表明这些微生物对普洱茶的后发酵生产和风味的形成具有重要的作用，普洱茶的后发酵需要在曲霉属真菌的参与下才能进行。科研人员在传统渥堆后发酵方法的基础上，通过接种专用优势菌剂进行普洱茶的后发酵生产，不仅可抑制杂菌和有害菌群的生长，使生产过程不受季节、环境条件等外界因素的影响，而且能缩短发酵时间，提高效率，保证产品质量的稳定性，提升普洱茶加工技术，使普洱熟茶的规范化、工业化生产成为可能。通过曲霉属真菌接种，晒青毛茶的感官特征发生了显著的变化，叶色由绿色变为黑褐色，汤色由黄绿色变为红褐色，香气由绿茶的青香变为陈香，苦味变淡，涩味消失。化学成分的变化与通过自然发酵的变化相同。科研人员在对不同菌种生物学特性研究的基础上，通过菌种组合，已经研制出不同风味的普洱茶。